El funcionamiento jerárquico de los cuerpos de Policía Local puede sufrir algunas excepciones, así en caso de que éstos actúen como policía judicial no dependen funcionalmente del Alcalde y no siguen sus órdenes y directrices, sino que dependen de la autoridad judicial o del Ministerio Fiscal (art. 31.1 LOFCS). Asimismo cuando son declarados los estados de alarma, excepción o sitio regulados en la Ley Orgánica 4/1981, de 1 de junio, todas las autoridades civiles y cuerpos de policía quedan bajo las órdenes directas de la autoridad gubernativa competente.
