Los funcionarios públicos quedan fuera de la protección ofrecida los delitos de atentado cuando se exceden en el ejercicio de sus funciones. Si así actúan no ejercen legítimamente sus funciones y por tanto no hay un adecuado, correcto o buen funcionamiento de la Administración pública que proteger. No obstante, en este punto el Tribunal Supremo exige que la extralimitación en el ejercicio de las funciones sea notorio y grave para excluir el atentado por atipicidad. Sin embargo, algunos autores consideran que en los supuestos de extralimitación leve del funcionario no está ejerciendo la función pública legalmente y el autor del atentado podrá invocar la concurrencia de alguna causa de justificación, que ampare la realización del ataque, como la legítima defensa o el estado de necesidad. En el caso en que el funcionario público, autoridad o el agente de la misma haya cambiado o cesado en las funciones que desempeñaba o se hubiera jubilado se entenderá que la protección penal seguirá vigente siempre que la agresión tenga su origen en la condición del sujeto que la soporta, esto es, siempre que el sujeto activo actúe movido por la condición de funcionario público, autoridad o agente del sujeto al que arremete, y ello en estricta aplicación de la expresión del art. 550 C.P. «o con ocasión de ellas».
