La decisión sobre la inculpación o procesamiento de los Diputados del Parlamento de Andalucía por actos delictivos cometidos dentro de la Comunidad Autónoma corresponde a la Sala de lo Civil y Penal del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía y fuera del territorio autonómico a la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo, que es la competente también para los miembros de las Cortes Generales. Este fuero privilegiado y la competencia del Tribunal Superior de Justicia o del Tribunal Supremo no se activan de manera automática. Así, el Tribunal Supremo viene entendiendo que no basta la mera imputación personal, y que la apreciación de indicios de responsabilidad de los aforados corresponde al juez instructor, el cual no está obligado a elevar la causa al Tribunal Superior de Justicia o al Tribunal Supremo en tanto esos indicios no estén fundados con una mínima verosimilitud o solidez, interpretación avalada por el Tribunal Constitucional, que la considera razonable sobre todo frente a denuncias, querellas o imputaciones insidiosas o interesadas (SSTC 68/2001, 69/2001). No basta por tanto la mera interposición o admisión de la querella o denuncia (SSTC 123/2001, 124/2001).
