El funcionamiento administrativo del Consejo de Gobierno se regula en los artículos 28 a 34 de la Ley del Gobierno de la Comunidad Autónoma de Andalucía y se puede resumir en estos términos: El Consejo de Gobierno funciona como un órgano colegiado en el que los Consejeros están en una posición de igualdad entre sí y en el que el Presidente ejerce las funciones de dirección y jefatura del Consejo, en algunas casos en un plano de jerarquía administrativa, cuando así lo dispone la ley, pero sin que ello implique la permanente subordinación de todos a las decisiones del Presidente. La confianza del Presidente que precisan los Consejeros para estar y seguir en su puesto hace que la relación con él sea fundamentalmente
de autoridad política, incluso en aquellos casos en los que las decisiones se someten a votación y han de ser aprobadas por mayoría. El Consejo de Gobierno se reúne previa convocatoria de su Presidente, que es quien fija el orden del día. No se precisa convocatoria cuando así lo decida el Presidente y estén presentes todos sus miembros. Adopta sus acuerdos por mayoría y el caso de empate, el voto del Presidente es dirimente. Las deliberaciones del Consejo de Gobierno tienen carácter reservado, estando sus miembros obligados a guardar secreto sobre las opiniones y votos emitidos en el transcurso de las reuniones del mismo. A las reuniones del Consejo de Gobierno podrán acudir personas que no pertenezcan al mismo, bien para informar sobre algún asunto objeto de consideración por el Consejo de Gobierno o por razones de trabajo.
