El art. 54.3 del EBEP establece que los empleados públicos «obedecerán las instrucciones y órdenes profesionales de los superiores, salvo que constituyan una infracción manifiesta del ordenamiento jurídico, en cuyo caso las pondrán inmediatamente en conocimiento de los órganos de inspección procedentes». Este deber de obediencia es un principio de conducta que se fundamenta en el principio de jerarquía proclamado por el art. 103.3 de la CE. Sin embargo, ni los funcionarios civiles ni los militares deben obediencia a las órdenes contrarias a la Constitución y a las leyes [y así se declaraba en los arts. 34 de las Reales Ordenanzas para las Fuerzas Armadas y 5.i.d) de la LO 2/1986, de Fuerzas y Cuerpos de la Seguridad del Estado]. Así, la desobediencia a las órdenes ilegales puede enfrentar al funcionario subordinado con un grave dilema: si cumple la orden ilegal puede incurrir en responsabilidad penal o disciplinaria; si no la acata, sobre todo si la orden no era tan ilegal como él creía, puede incurrir en desobediencia, igualmente penal o disciplinario. Esta grave disyuntiva tiene una respuesta, nunca del todo satisfactoria, del siguiente tenor: el empleado inferior puede aducir siempre la eximente de cumplimiento de un deber, es decir, obediencia debida, tal y como establece el art. 20.7 del CP; de otra parte, el funcionario solo está liberado de obedecer las órdenes que constituyan una infracción manifiesta, clara y terminante de un precepto de ley o de cualquier otra disposición de carácter general. El art. 54.3 del EBEP, además, como un principio de conducta, prevé y obliga al empleado público
que reciba una instrucción o una orden que suponga una infracción manifiesta del ordenamiento a poner dicha circunstancia en conocimiento de los
órganos de inspección.
